在1月8日召開的2009年全國衛生工作會議上，衛生部部長陳竺指出， 黨的十七大從中國特色社會主義事業總體布局和全面建設小康社會戰略全局出發，明確提出堅持公共醫療衛生的社會公益性質，指明了我國衛生改革發展的方向。為盡快取得明顯成效，國務院決定了今后三年要著力做好的五項重點工作。衛生系統一定要開好頭、起好步，抓住關鍵環節，突出重點領域，扎實推進各項工作。
一是加快推進基本醫療保障制度建設，鞏固完善新型農村合作醫療制度。要按照《醫藥衛生體制改革五項重點改革實施方案》（以下簡稱《實施方案》）的要求，切實履行國務院“三定”方案規定的職責，著力鞏固和完善新型農村合作醫療制度。經過幾年的努力，目前新農合制度已實現全面覆蓋。今后一段時期的工作重點，要轉到鞏固和完善新農合制度，加強基金管理，規范醫療行為，不斷提高群眾受益的保障水平上來。同時，各級衛生部門要密切配合人力資源和社會保障、民政部門，做好城鎮職工和居民基本醫療保險制度建設、城鄉醫療救助等有關工作。
二是加快建設國家基本藥物制度，為人民群眾提供安全有效、優質價廉的藥品。要建立健全藥物政策和基本藥物制度管理機構，組建國家基本藥物委員會，建立健全國家基本藥物目錄遴選并定期調整機制和部門協同工作機制，制訂并頒布國家基本藥物目錄（2009版）。要制訂醫療機構的基本藥物優先選擇和合理使用政策及措施，明確規定不同規模、不同層級醫療衛生機構的基本藥物配備率和使用率；政府舉辦的基層醫療衛生機構原則上全部配備使用基本藥物；加強基本藥物生產和配送合同管理。要會同有關部門制訂國家基本藥物目錄管理辦法和生產供應招投標管理辦法，完善基本藥物價格形成機制、使用報銷政策和國家儲備制度。要開展合理用藥輿論宣傳與教育引導工作，提高公眾對基本藥物制度的認知度和對基本藥物的信賴度。選擇部分地區開展基本藥物制度試點，總結經驗，不斷完善，逐步推廣。
三是合理配置衛生資源，大力加強城鄉基層醫療衛生服務機構建設。加強農村醫療衛生服務能力。第一，完善農村三級醫療衛生服務網絡。進一步加強縣醫院標準化建設，切實發揮縣醫院在農村三級醫療衛生服務網中的龍頭作用。自2009年開始，在三年內中央重點支持2000所左右縣醫院建設，使每個縣至少有一所縣級醫院基本達到標準化水平。2009年，全面完成中央規劃支持的2.9萬所鄉鎮衛生院建設任務，再支持改擴建5000所中心衛生院，平均每個縣2-3所。支持邊遠地區村衛生室建設，實現每個行政村都有一個標準化的村衛生室。第二，采取多種形式加強農村衛生人才隊伍建設。采取定向免費培養方式，為農村培養實用的衛生人才。擴大實施鄉鎮衛生院執業醫師招聘計劃。加強鄉鎮衛生院衛生人員的在崗培訓。完善城市醫院對口支援農村衛生制度。每所城市三級醫院要與3所左右縣醫院建立長期對口協作關系。繼續實施“萬名醫師支援農村衛生工程”和“西部人才培養項目”。落實好城市醫院和疾病預防控制機構有資質醫生晉升中高級職稱前到農村服務一年以上的政策。鼓勵高校醫學畢業生到基層醫療機構工作。第三，改革農村基層衛生機構補償機制。政府負責其舉辦的鄉鎮衛生院的基本建設、設備購置、人員經費及其承擔公共衛生服務的業務經費。醫務人員的工資水平，要與當地事業單位工作人員平均工資水平相銜接。鄉鎮衛生院提供的醫療衛生服務價格，按照扣除財政補助后的成本制定。積極推進鄉鎮衛生院藥品零差率銷售。爭取政府支持、協調有關部門，妥善解決并逐步提高對鄉村醫生的補助，推動建立鄉村醫生養老保險制度。第四，轉變農村基層醫療衛生機構運行機制。積極推進鄉鎮衛生院收支兩條線管理。引導鄉鎮衛生院主要使用適宜技術、適宜設備和基本藥物。轉變服務方式，在鄉村開展巡回醫療。全面實行人員聘用制，建立以服務質量和服務數量為核心、以崗位責任與績效為基礎的績效考核和績效工資制度。五是積極推進縣鄉衛生機構縱向技術合作，總結經驗，擴大和規范試點。
大力發展城市社區衛生服務。第一，三年內新建或改造3700所社區衛生服務中心和1.1萬個社區衛生服務站，中央支持經濟欠發達地區2400所社區衛生服務中心建設，基本實現城市社區衛生服務全覆蓋；同時，鼓勵社會力量舉辦基層醫療機構。第二，要完善社區衛生機構的功能，特別是要加強健康教育、免疫接種、婦幼保健、老年保健、慢病管理等預防保健服務功能。第三，加強社區衛生機構衛生服務人員的崗位培訓，強化城市醫院對社區的支持和指導作用。第四，改革社區衛生機構的補償機制。政府負責其舉辦的社區衛生服務中心和站的基本建設、設備購置、人員經費及其承擔公共衛生服務的業務經費。提高社區衛生服務人員的工資待遇。第五，轉變社區衛生機構運行機制。積極推進社區衛生機構收支兩條線管理和藥品統一招標、統一配送和零差率銷售。合理設置崗位，明確崗位職責，嚴格人員準入資格條件，實行全員聘用，加強績效評估考核，實行崗位績效工資制度。第六，制訂并完善基本公共衛生服務項目規范，優先使用適宜技術、適宜設備和基本藥物，實行上門服務，主動服務，開展城市社區首診和雙向轉診試點工作。
四是促進基本公共衛生服務均等化，全面做好重大疾病防治工作。促進基本公共衛生服務均等化，是全面貫徹預防為主的衛生工作方針，促進健康公平的重要舉措。要確定國家基本公共衛生服務項目，通過基層衛生機構向城鄉居民提供疾病預防、免疫接種、婦幼保健、健康教育、職業衛生、精神疾病管理治療等基本公共衛生服務，逐步縮小城鄉居民基本公共衛生服務差距。要切實落實國家免疫規劃，強化邊遠、貧困和流動人口等特殊人群的免疫規劃工作，制訂基本公共衛生服務技術規范和考核評價辦法。要進一步做好艾滋病、結核病、血吸蟲病等重大傳染病防治工作。加快推進農村改廁和農村飲水衛生安全工程建設，開展城鄉環境衛生整治行動，繼續開展創建衛生城市（區）、衛生村鎮活動，推進建設健康城市（區、鎮）試點工作，積極防治病媒生物，進一步推動愛國衛生運動廣泛深入開展。
五是推進公立醫院改革試點，加強醫療服務管理和監管。今后三年，將選擇若干城市進行公立醫院改革試點，探索建立規范的公立醫院管理體制和運行機制，形成公立醫院改革的總體思路和主要措施，為全面改革公立醫院奠定基礎。第一，要改革公立醫院管理體制。界定公立醫院所有者和管理者的責權，探索建立以醫院管理委員會為核心的公立醫院法人治理結構。建立院長任職資格、崗位職責、選拔任用、考核評價、教育培訓、激勵約束和問責獎懲機制。第二，要改革公立醫院補償機制。政府負責公立醫院基本建設和大型醫用設備購置、重點學科發展、住院醫師培訓、離退休人員費用和政策性補貼等，對公立醫院承擔的公共衛生服務任務給予專項補助，保障公立醫院緊急救治、援外、支農、支邊、惠民服務和政府指定的其它公共服務經費，對傳染病院、職業病防治院、精神病醫院、中醫院、婦產醫院和兒童醫院在投入上予以傾斜。推進醫藥收入分開改革，取消藥品加成政策，醫院由此減少的收入或形成的虧損，通過增設藥事服務費、調整部分技術服務收費標準和增加政府投入解決，藥事服務費納入基本醫療保障報銷范圍。適當提高技術勞務性服務價格，降低藥品、醫用耗材、部分大型診療設備偏高的收費標準。第三，改革公立醫院運行機制。推進人事制度改革，完善醫務人員職稱評審制度，實行崗位績效工資制度。建立住院醫師規范化培訓制度。探索注冊醫師多地點執業的辦法和形式。強化醫療服務質量管理，規范公立醫院臨床檢查、診斷、治療、使用藥物和植（介）入類醫療器械行為，優先使用基本藥物和適宜技術，實行同級醫療機構檢查結果互認。嚴格醫院預算和收支管理，加強成本核算與控制。加快推進藥品和醫療器械集中采購工作開展。第四，在衛生行政部門設立醫院監管機構，建立以公益性為核心的公立醫院績效評估管理體系和醫療質量安全評價管理體系。全面推行醫院信息公開制度，接受社會監督。嚴格控制公立醫院建設標準和規模，嚴格控制特需醫療服務比例。第五，優化公立醫院布局和結構。按照區域衛生規劃合理確定公立醫院數量、規模和布局。加強對城市公立醫院的規模、結構和布局的宏觀調控，重點加強縣醫院和以農業人口為主的區級醫院能力建設。對部分公立醫院，可有計劃、按步驟地進行優化重組，包括遷建、整合、轉型、改制。
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